自然人在低價轉讓股權時，如果有符合國家稅務局規定的正當理由，則無需繳納個人所得稅。若非規定的正當理由，則稅務部門將參考轉讓股權的每股凈資產或股東享有的相應股權的凈資產份額，核算轉讓的股權后征收個稅。在受讓人再次轉讓股權時，應以全部的轉讓價格作為應納稅所得額進行計算。
無需繳納個稅的正當理由
自然人低價轉讓股權參考《國家稅務總局關于股權轉讓所得個人所得稅計稅依據核定問題的公告》。
1、股權轉讓的價格低于原投資成本或原持有成本（獲得該股權支付的費用和相關稅費）；
2、轉讓價格低于被轉讓股權對應的資產份額；
3、股權轉讓價格低于相同或類似條件下，同一企業相同股東、其他股東轉讓價格；
4、股權轉讓價格低于相同或類似條件下，同類行業公司股權轉讓價格；
5、轉讓的股權公司連續三年及以上都處于虧損狀態；
6、受國家政策調整而低價轉讓；
7、股權轉讓給法定繼承人以及對轉讓人有直接撫養義務的扶養人或有贍養義務的贍養人；
8、經主管稅務機關認定的其他合理情形。
